Le projet de reconstruction
Au lendemain de la guerre, il est rapidement décidé de ne pas reconstruire l'université telle qu'elle était rue des Cordeliers, du fait de sa vétusté. Si l'on craint au départ que l'Université disparaisse au profit de Rouen, ville rivale qui constitue un autre pôle majeur en Normandie, les doutes se dissipent après que Léonard Gilles, président du Comité de Libération du Calvados, mais aussi le général de Gaulle, aient confirmé la Reconstruction.
Celle-ci vise principalement deux objectifs : construire de nouveaux locaux suite aux destructions de la Seconde Guerre mondiale, mais aussi en profiter pour moderniser la ville, dans un contexte d’évolution urbaine. Ainsi, il est prévu que l'Université soit déplacée et reconstruite dans de plus grandes dimensions, comme la plupart des autres bâtiments publics de la ville.
Plan initial du projet de reconstruction de l'Université, Archives départementales du Calvados
Différents acteurs se distinguent alors au sein de ce projet. Tout d'abord, Pierre Mazet, nommé recteur au sortir de la guerre. Celui-ci fait appel à Henry Bernard, qui a été fait prisonnier de guerre en Allemagne, à son côté pour endosser le rôle d'architecte de la Reconstruction, et ainsi superviser les travaux. Est également investi dans le projet Yves Guillou, maire, du fait que l’ancienne université était propriété de la commune. En 1947, est intégré dans le projet Marc Brillaud de Laujardière, urbaniste à qui l'État a confié un plan de reconstruction et d'aménagement de la ville. Le conseil général des bâtiments de France prend aussi part aux décisions qui concernent l’esthétisme et les techniques de construction des bâtiments. En 1948, Pierre Daure succède à Pierre Mazet en tant que recteur de l'Université de Caen, c'est donc sous son mandat que la reconstruction a lieu.
Le projet de construction est finalement émis en 1948. Celui-ci est marqué par le souhait que tous les bâtiments universitaires, pensés comme spacieux et lumineux, soient regroupés avec autour des espaces verts. Il est donc nécessaire de trouver un vaste terrain, Henry Bernard estimant, dans son projet d'université pouvant accueillir 3 500 étudiants, qu'au moins 25 hectares sont nécessaires pour la reconstruction. Quatre terrains sont alors envisagés : La Prairie, le clos Herbert, les abords de l'abbaye aux Hommes et le boulevard Dunois. Le terrain Gaillon, au nord du château, vient ensuite s’ajouter aux options. Henry Bernard imagine un plan pour chacune de ces options, et les présente au conseil de l'Université le 16 mai 1945. Le terrain Gaillon est finalement sélectionné par le vote en janvier 1946. En effet, construire l'Université au nord de la ville permet de dynamiser ce territoire, délaissé jusque-là en raison de l'obstacle physique que constitue le château. Une surface totale de 30 hectares est donc délimitée sur le terrain par Henry Bernard et Marc Brillaud de Laujardière.
Les pouvoirs publics sont particulièrement attentifs à l'insertion de l'Université dans l'architecture préexistante de la ville. Ainsi, il est décidé de construire les bâtiments universitaires avec un ciment intégrant de la pierre de Caen broyée, afin de rappeler les monuments historiques de la ville. Aussi, les abords de l'Université sont choisis pour accueillir des zones pavillonnaires, afin que l'institution ne soit pas sujette à trop de nuisances sonores. Si le projet prévoyait au départ l'intégration de logements de fonction pour les professeurs, cette idée est finalement abandonnée, et des logements leur sont réservés dans des résidences HLM à proximité du terrain.